Unter dem Krummstab
Dorf und Schloss als Teil des Hochstifts Freising
Ab 1530 gab es in der Nähe der ersten Ismaninger Johanniskirche, am Seebach gelegen, einen angemessenen fürstlichen Wohnsitz: Bischof Philipp hatte von dem Freisinger Domherrengeschlecht der Haushaimer deren Landsitz übernommen und zu einem Renaissanceschloss ausbauen lassen. Von nun an nutzen die Freisinger Fürstbischöfe Ismaning als Sommerresidenz und Verwaltungsmittelpunkt der Grafschaft. Ein Pfleger vertrat die bischöflichen Hoheitsrechte vor Ort. Er war der Dorfvorsteher und hatte als oberster Beamter der Grafschaft dafür zu sorgen, dass Steuern, Abgaben und Frondienste geleistet wurden. Laut einem Vertrag von 1509 mussten die Ismaninger über den üblichen „Zehent“ hinaus jährlich auch 2.500 Krautköpfe an den Bischofssitz in Freising liefern.
Den Verwüstungen des 30-jährigen Krieges und der nachfolgenden Pest fiel Mitte des 17. Jahrhunderts fast die Hälfte der Bewohner zum Opfer. Zeichen eines Neubeginns war 1678 der Bau der barocken Johanniskirche. Bereits seit Anfang des 16. Jahrhunderts gab es außerdem in den Ismaninger Isarauen die Eremiten-Klause St. Koloman, die 1804 in Folge der Säkularisation aufgelöst wurde. 2008 ließ die Gemeinde Ismaning unweit der Stelle, wo ca. 300 Jahre lang die alte Eremitage St. Koloman stand, eine neue Kapelle errichtet.
Das höfische Leben entfaltet sich
Unter Fürstbischof Johann Franz Eckher begann 1716 der Neubau des Schlosses im Stil des beginnenden Rokokos. Besonders prachtvoll entfaltete sich das höfische Lebens unter Eckhers Nachfolger, dem Fürstbischof Johann Theodor. Dieser ließ den Hofgarten erweitern und schmückte den Park mit weiteren Gebäuden, von denen heute noch der nach Plänen von François Cuvilliés errichtete Pavillon erhalten ist.
Erst mit der Säkularisation 1802/03 endete die Freisinger Ära. Das Gebiet des Hochstifts wurde dem Herzogtum Bayern unterstellt, Ismaning gehörte ab September 1803 zum Landgericht München. Eine eigene Verwaltung mit Gemeindevorsteher (später Bürgermeister) dokumentierte die neue Selbständigkeit des Ortes, der ca. 580 Einwohner hatte. Das Schloss, das im Winter 1800/1801 nach der Schlacht von Hohenlinden unter der Einquartierung napoleonischen Truppen gelitten hatte, blieb zunächst unbewohnt.